故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。 司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

2095年10月31日。 未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。 自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始， 世界因新的战略级魔法师登场而震撼。 其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感， 为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。 约两个月后的12月24日。 就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际， 达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。 雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的， 是和她同龄的女孩子。 与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。 她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。 她身为STARS历代最年轻的总队长， 是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。 劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。 達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。 束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。 しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脱走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる――。

魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。 国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。 魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。 二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。 政治結社《ブランシュ》の襲撃。 九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭( ノー・ヘッド・)竜(ドラゴン)》の介入。 大亜連合軍の横浜への侵攻。 人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。 そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。 波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。 四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、 達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。 深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったが それを世界が許すはずもなく…。 そして、──波乱の日々が、再び幕開く。 ■ダブルセブン編 イントロダクション 達也と深雪が第一高校に入学して二回目の春が訪れた。 今年こそ深雪と平穏な学園生活を送りたいと願う達也だが、今年の一年生も昨年に負けず劣らずのくせ者ぞろいだった。 七草真由美の妹で双子の香澄・泉美。 七草家に強い対抗意識を抱く七宝琢磨。 三人は入学早々トラブルを起こし、達也はその対処に追われることに。 さらにその裏では人間主義者を煽動し、魔法師を社会から排除しようとする謎の美青年・周公瑾の陰謀が蠢き始めていた――。 青春と陰謀が交錯する「ダブルセブン編」がついに開幕！

《简单易懂魔法科！》为魔法科高校的劣等生的官方SD动画，简单易懂魔法科！是由Q版的魔法科高校的劣等生中司波兄妹为大家解说魔法科高校中的内容、设定等的3分钟小剧场。

夜斗（神谷浩史 配音），是个居无定所、打着散工、穿着运动服的落魄神明，既没有神社供奉，连手下的神器也急着跳槽，他却怀着“受万民景仰”的伟大梦想，以五元香油钱为价格，接受各种各样的委托，上至砍妖除魔，下至打扫卫生。就这样，夜斗穿梭于此岸与彼岸，与八百万神明、服侍神明的“神器”、人类以及妖，共同生活在这个光怪陆离的世界中。 一天，普通初中女生一岐日和（内田真礼 配音）因意外与夜斗结缘，为此落下了一种奇怪的体质——灵魂和身体很容易出现分离。日和拜托夜斗解决自己的问题，夜斗却烦恼着自己手下没有“神器”。不久，夜斗命中注定的神器出现了，夜斗赐其名为雪音（梶裕贵 配音）…… 本动画改编自安达渡嘉创作的同名神幻题材漫画。

2019年9月27日，宣布第3期及新作OVA制作决定。 2020年1月29日，新作OVA发售。

这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。 女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目—— 迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】

这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目——迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】

恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。

某天突然出现了一个神奇的按钮。按下按钮后，就转移到了另外一个异世界！！ 从其他世界转移而来的角色们在那里大集合……！？