海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名伙伴。在巴克队长的带领下，一直向着未知的海域不断探索前进！巴克队长和皮医生为了送小章鱼酷巴回家，结伴前往加勒比海。然而他们在途中遭遇了突发事件，必须穿过丛林，探索神秘的洞穴。在小纵队其他队员的支援下，他们展开了全新的探险之旅……

萨米（比利·安格 Billy Unger 配音）和雷（卡洛斯·麦卡勒斯 Carlos McCullers II 配音）带着孙子艾拉（Shyloh Oostwald 配音）和瑞琪（Carter Hastings 配音）出海游玩，却不幸被人类的渔船捕获，它们的目的地是全球最豪华的人造水族馆，这也就意味着，一旦它们到达那里，就再也无法获得自由重回大海了。 龙虾露露（乔·托马斯 Joe Thomas 配音）、怪鱼金宝、小丑鱼塔茨，在船上，萨米和雷结识了一群和它们同病相怜的海洋生物们。它们不仅要在坚不可摧的穿上找到突破口，还必须提防野心勃勃的海马老大，这位狂妄武断的独裁者，它设计出的逃亡方案是否能够行得通呢？除此之外，失散的爷孙四人又能否再度团聚呢？