雍正皇帝严暴治政，为巩固政权，建立粘杆处、血滴子等特务组织为其探查官吏与民众有异心者实行暗杀，也有数以万计无辜人士受此牵连被发配到东北最为苦寒之地。相传此处曾是蛮荒之地，后有六个兄弟来此定居，满语“六言宁古，个言塔”，故后人称此处为宁古塔......

明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。 各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

讲述了小屋（李砚饰）本是“天书”中一页幻化出的翩翩少年，与宋真宗妃子颜如玉（张南饰）相爱，被发现后小屋遭到斩杀。转世后的他为解开千年身世谜团而经历了一段奇妙的探险旅途，后与颜如玉再续前世姻缘的故事。