影片讲述男孩比利(劳瑟饰)被母亲送到父亲身边，并转了学校，但保守的新学校压制着他。比利不得不采取行动，挑战学校权威，以获得“返校节皇后”的称号。

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？颠覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。 -------- 第一季结束 第二季主要演员卡司包括第一季萌骑士团五熊(蔡颐榛)、寒(蔡芷纭)、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋，本季加入更坚强阵容，包括张善为、草莓姊姊及人气偶像阿本，为第二季之光荣圣战奋斗！ 寒再次演出乌克娜娜的角色，她表示这次更得心应手，林奕勋甚至调侃她都不用练习就能上镜演出，真的是猴塞雷！随著萌学园2开拍，演员感情更为深厚，为萌学园2的演出，培养了绝佳默契！

艾历克斯·道尔是一个追求极致的大一新生，会为了考出更高分反复参加考试。在加入了学校的赛艇部之后，她不惜任何代价都要打败队友、进入专业队代表学校参加比赛的念头越发强烈，但与此同时，包括教练、女友在内的人担心着她的身体和精神状况。求胜心切的艾历克斯能成功得到自己想要的一切吗？

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。 相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产生魔法反转的奇异现象。透过大甜甜与亮晶晶的联络，艾瑞克得知谜亚星掉落在夸特诺基地，急切想知道找寻萌骑士团下落，但又察觉本人身体里产生奇怪的能量，艾瑞克失控了！

在神秘流浪汉的提示下，一名性格温顺的煎炸厨师发现了自己的超能力，并揭开了一个影响巨大的黑暗阴谋。

青少女安娜自出生以来就被父亲隔离起来抚养，他尽一切可能隐瞒她的身世。当一位女警官艾伦介入她的生活中，对她的生活背景展开调查后，安娜愈加发现自己对于森林的向往，同时挣扎着抵抗她体内不断增长的嗜血欲望。

30岁的弗朗西斯是一名来自几内亚比绍的难民，他乘船非法穿越地中海，最后成为唯一的幸存者，来到了柏林。弗朗西斯遇见了德国毒贩莱因霍尔德，因而被卷入了柏林黑社会。