西暦2042年、地球上では突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各国で開発されていた巨大ロボット達との戦いが繰り広げられていた。 日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは後に「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。だが、ゴオはそれと引き換えに、1人の少女の命を救っていた。その少女の名は、葵杏奈。 辛くも人類は戦いに勝利し、5年の歳月が流れた。しかし、世界各地ではまだ擬態獣の亜種が生き残っており、スーパーロボット達との戦いは続いていた。17歳の高校生となった杏奈はゴオと再会して恋に落ち、いつしか2人は結婚を決意する。だが結婚式当日、日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中断し、ゴーダンナーで出撃する。 しかし、杏奈はただ夫の帰りを待っているだけの女の子ではなかった! 杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み、自身も擬態獣との戦いに身を投じる! 果たして、2人は無事結婚することが出来るのか!? そして、世界の平和を守ることが出来るのか!?

杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！

不久的将来 政治，宗教，资源，环境等等对内对外依旧抱有多种多样的问题的 人类，讴歌着与其相对的繁荣 可是 位此画上休止符的时刻 以在眼前 蔓延到全世界的异行羽虫变异生物发生源随着洋流漂移而来 意识到了这些变异生物的人们组成了国际性对抗组织——N.I.D.F. A.D.2015年 对于一齐出现在全世界的变异生物"哈提安"军团 N.I.D.F.能战胜它们吗？