故事发生在风景秀丽的百花村，在那里，生活着一个名为马良（邵亦琛 饰）的男孩，马良虽然顽皮，却热爱画画，颇有天赋。某日，大将军（孟祥龙 配音）和小皇帝（王晓彤 配音）的到来打破了村庄内宁静的气氛，他们得知在村庄地下埋藏着价值连城的金矿，于是企图赶走全部村民，展开挖掘行动。 泼墨仙人（吴文伦 配音）预感到百花村将有大难，于是将神笔赐予马良，让马良利用神笔化虚为实的神奇力量，保卫村民们赖以生存的家园。小皇帝见识到了神笔的威力，想要将它据为己有。大将军设计骗过了单纯善良的马良，并且准备利用神笔，将整个村庄毁灭。

《雄兵连》系列是国内首部3D战争科幻类动漫作品，《雄兵连II诸天降临》为该系列故事最新续作，描述了在神河宇宙中各星系文明之间发生的科幻战争，一支由超级基因继承者们组成的军队——雄兵连，在地球面临外星入侵时一起奋勇抗敌的故事。本系列动画通过庞大完整的世界观，为观众粉丝展现一个史诗级动漫巨作。