本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。

有着被称为“Live On”的卡片游戏的世界。Live On与一般的卡片游戏不同，在卡片发动（Live）的时候，怪物会从卡片中实体化出来。在使用被称为“Live Change”的特殊卡片后，卡片的使用者本人的外貌会变成怪物。 主角天尾翔是一个十分喜欢Live On的小学五年生，但是因为实力低下，从小就一直是输。有一天，翔遇到了一只黄色的小狗一样的“创造怪物”V——ペダル（佩达鲁）。 这场相遇后，翔的全新的Live On的生活开始了……

电影版《游戏王》改编自日本家喻户晓的纸牌游戏和电视卡通片，故事的小主人公武藤游戏是一个对纸牌游戏走火入魔的高中男孩儿，与怪兽斗争是他肩负的最大使命！ 看似简单的纸牌游戏，背后的真相永远比我们想象要复杂得多，它蕴含了能够改变历史进程的古老神秘力量！在埃及沙漠的深处，一个古老的恶灵被重新唤醒：几百年前被武藤游戏神秘的第二个我--“法老王”打败的亡灵之神重返人间，他要彻底打败武藤游戏并成为全世界的主宰！游戏和他的朋友们是否能在地球被沙漠吞噬之前击败强悍的亡灵之神？看似儿戏的纸牌游戏真的是拯救世界的最后希望吗？

野野原姬子（大谷育江 配音）是一个性格非常活泼的13岁女孩，过着日复一日平凡的元气满满的生活。魔法王国的公主艾莉嘉（大谷育江 配音）选中了姬子，将自己的魔法蝴蝶结借给了她，因为姬子和艾莉嘉有着一模一样的容貌。拥有了魔法蝴蝶结的姬子打开了新世界的大门，而她能够使用魔法的秘密不小心被同学小林大地（大辉悠 配音）给撞破了，虽然大地常常会找姬子的麻烦，但这一次，他答应帮助姬子保守秘密。 姬子喜欢的前辈支仓浩一（草彅刚 配音）和姬子的姐姐告白了，在收拾了心情之后，姬子渐渐的和一直守护在她身边的大地走到了一起。

学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。