战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！

政五郎（仲代达矢 饰）是臭名昭著的流氓，他中年得一女取名花子，对其格外的宠爱。政五郎专横跋扈的作风令他在外树立了许多仇家，随着花子一天天长大，危险也无时不刻的在靠近着她，为了保护花子，政五郎愿意付出一切代价。 松惠（夏目雅子 饰）是政五郎的养女，花子的姐姐，因为天生貌美过人而被政五郎选中，本来和松惠一起来到政五郎家中的还有她的弟弟，然而弟弟逃跑了，留下松惠独自一人支撑着。政五郎想将花子嫁给一位有位青年，然而青年却爱上了松惠，导致政五郎家中不睦。政五郎宠爱情妇，冷落妻子，他的妻子日日酗酒，并最终染上重病而亡。让政五郎没有想到的是，花子竟然投奔了自己的仇家，心灰意冷的他自首被投入大牢，没过多久就郁郁寡欢而死。

昭和38年，明石组系与神和会系两派发动的广岛战争愈演愈烈，期间不断有无辜市民遇害。受舆论和民众的巨大压力，警方动员所有力量，发动名为“顶上作战”的打击黑势力的行动。 广能昌三（菅原文太 饰）为壮大实力，说服中立派义西会会长冈岛友次（小池朝雄 饰）加入明石一派。同时，广能组干部河西清（八名信夫 饰）被刺，双方战争扩大化，袭击事件频发。明石组岩井（梅宫辰夫 饰）出计借河西葬礼之际集结西日本同盟，给山守组突然袭击。然计划被打本（加藤武 饰）泄漏，山守义雄（金子信雄 饰）向警方检举，广能被捕。之后广能组成员遇袭、冈岛被刺等一系列事件使明石一派处于劣势。但很快义西会干部藤田正一（松方弘树 饰）填补空缺，和山守组少壮派武田明（小林旭 饰）展开新一轮对抗。 而警方针对所有黑帮干部的行动也同时开始……