∴朝日新聞東京本社創刊１００周年／テレビ朝日開局３０周年／日本ヘラルド映画創立３０周年記念作品。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

每次案件结束后，金田一耕助（石坂浩二 饰）都要隐居休养一段时间，这次他决定赴美度假，临行前专门去吉野市拜别侦探小说家横沟正史（横沟正史 饰）。在小说家的推荐下，金田一前往当地的本条影楼拍摄护照照片。拍照之际，一名神秘美丽的女子（樱田淳子 饰）拜会影楼老板，请他夜间外出拍摄结婚照，而拍摄地点竟是位于医院坡曾发生过吊颈命案的不祥之屋。 当晚，影楼老板的儿子直吉（清水紘治 饰）到指定地点为那对甚为奇怪的新人拍照。次日，他接到那名神秘女子的电话，邀请他们再次前往拍照地。这一次金田一和直吉等人一同前往，却发现新郎的头颅被吊在房屋正中央，而身体不翼而飞。一起离奇命案慢慢揭开了藏在法眼家族背后的秘密……