马上就要升为初中二年级的未来，在春假的夜晚发现天空中有神秘的物体掉到了附近的公园。”会不会是魔法师呢？“满心期待的未来，第二天一边欢欣雀跃，一边带着心爱的小熊去了公园。她发现骑着扫把浮在空中，自称里子的女孩，是个魔法师！里子声称是为了找寻物品而来到未来的世界的。而面对突然出现的邪恶魔法师，二人的挂件发出光芒，变身为传说中的光之美少女！

始主魔神创造了世界，追之有了火，水，木等魔神，而魔神又创造出骨。龙之骨是地球的守护之骨。身为一个平凡高中生的龙神翔悟，突然遭到了神秘敌人“黑暗战士”的袭击，而其目的就是为了获得“骨之卡”。而后，翔悟等年轻人开始肩负起了守护地球，并使用骨之卡变身成为“骨之战士”的使命。为何会有骨之卡？黑暗战士的真身究竟是什么？魔神又是怎样的存在？全新的传说，就此开始！

表面上，高岭清麿（樱井孝宏 配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江 配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。 在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

故事发生在遥远的未来，彼时的世界被邪恶的马尔戈力达帝国统治，作为领导者，马尔戈力达四世（松野太纪 配音）组织了一支令人闻风丧胆的拔毛部队，为了掩饰自己寸草不生的头顶，他意在将所有的子民们都变成光头。就在这危机时刻，一个名叫波波波（子安武人 配音）的男人站在了马尔戈力达四世的对立面。这个奇怪的男人留着显眼的金黄爆炸头，自称能够听懂毛的语言，并且巧妙的将毛变为了他的武器。 就这样，波波波和马尔戈力达四世的漫长战争开始了。在同伴小美（野中蓝 配音）、东八奇（小野坂昌也 配音）和阳顶天之助（园部启一 配音）等人的帮助下，他能够获得最终的胜利吗？

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……