愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥…… 本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第三部。

十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”之名的黑（木内秀信 配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子 配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。 究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？

高中女生奈绪（名冢佳织 配音）隶属摄影部，她喜欢捕捉云和风。一天，她在学校天台拍照时，看见一只飞天猫，随即天空居然下起了“猫雨”，震惊之余她不慎失足坠楼。出乎意料的是，从高空中摔下的她竟毫发无损。原来是拥有操纵风的能力的风使——大气老师救了她，而那只猫之所以会飞也是因为它懂得操纵风。得知大气老师回乡参加祭典后，奈绪和好朋友美纪（花村怜美 配音）以及同班男生阿润（入野自由 配音）一起来到风使之乡找他，向他学习风的知识，老师却一口回绝。目睹了震撼人心的风之祭典后，奈绪似乎更加了解风…… 本动画围绕着奈绪的日常展开，她的高中生活也许平平凡凡，然而故事里有风。