宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪 饰）、熊五郎（田中春男 饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。 这期间阿通（八千草薰 饰）和朱实（冈田茉莉子 饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……

经过生死考验的新免武藏（三船敏郎 饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰 饰），四处云游挑战强者。 一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦 饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心，几番设计谋害武藏，皆被破解。而另一方面，武藏却与阔别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子 饰）不期而遇，刀光剑影中，武藏对爱情作出了断，也完成了和宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）的初次相逢……

海岛国王之儿子小椎命，英勇绝伦，熟谱兵法。继母为人阴险，一心想自己的儿子继成皇位，遂阴谋除去皇子，向天皇献议，命皇子率兵征服饶勇善战之熊曾族人，并深信皇子必战死沙场。殊不知皇子化装为妇人，单人匹马潜入敌营，一举杀死熊曾族兄弟二人……