或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊…… 本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。

故事发生在一个妖怪与人类共存的世界中。众多的妖怪分为激进派和保守派，其中，激进派的妖怪们经常会犯下危害人类安全的案件。为此，一个名为“妖人省”的机构成立了。在妖人省中，拥有一半妖怪血统的人类被集结起来，他们和人类组成搭档，专门解决由妖怪引起的不思议事件。 西王石榴（中原麻衣 配音）就是妖人省的一员，她的搭档是外形超级俊朗但是内心十分害怕妖怪的军官总角景（樱井孝宏 配音），石榴经常因此而嘲笑胆小的景。此外，还有性格内向的薄萤（花泽香菜 配音）和她的搭档芳野葛利剑（日野聪 配音），古灵精怪的姐妹鬼灯（堀江由衣 配音）、雪洞（丰崎爱生 配音）和她们的准夫君花桐丸龙（尾裕贵 配音）。在调查事件的同时，石榴为何会成为半妖的原因也渐渐的浮出了水面。

趁着高中入学之机，开始了单身生活的主人公夏目智春。他是那种一眼看上去就觉得普通到没什么特色的高中生。但是呢，还是稍微有点和其他人不同之处。那就是，被青梅竹马的少女・水无神操绪的幽灵附体的事——。 搬到了新的住所“鸣樱邸”，打算享受轻松快乐生活的智春。然而，他的愿望却被彻底击破了——一位叫作黑崎朱浬的美女受哥哥所托前来交托一个手提箱，却被以巫女打扮登场的少女嵩月奏前来抢夺…… 而更重要的是，得到这个手提箱的人，有着去追寻“世界隐藏之真实”的责任。

有着复杂家庭环境的男主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱里受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。以得到此手提箱为契机，智春得知了世界隐藏的真实--神舍弃了人类，这个世界曾遭一次毁灭，借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，男主角身边围绕了众多精彩的各型美少女们，轰轰烈烈的故事也该就此开始了……

六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师…… 《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，漫画由小畑健执笔，并由日本棋院的女棋士梅泽由香里担当监修。当年上映引起轰动后，引发了一股学习围棋的热潮，借由佐为的附身改变了主人公进藤光，讲述了其棋艺和心灵的成长，也在其中普及了围棋知识，意义深远。

日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人 配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产的分割问题而来。表面上和气的亲戚们，每个人的心中都打着有利于自己的算盘。作为次男家的独子，战人（小野大辅 配音）抬头望去，海猫在天空中盘旋，暴风雨就快要来了。 岛上发生了猎奇杀人事件，自私的族人们接二连三的以惨绝人寰的姿态被杀害，而谋杀的手段，怎么看都不像是人类所为。难道真是传说中的魔女贝阿朵莉切（大原沙耶香 配音）前来复仇了吗？怎么都无法相信的战人为了找到真相，和虚幻中的魔女展开了一场又一场的严酷对决。