在和强敌“横滨少棒队”的激斗中，主人公吾郎所带领的“三船海豚队”赢得非常漂亮。但是，作为主力投手的吾郎所付出的代价就是右肩的伤痛。而随着职业棒球选手的父亲英毅转会，吾郎什么也没有告诉一起战斗过的同伴们，就随父亲转学到了九州的学校。 吾郎重新振作精神，接受了当地的棒球名校“博多南少棒队”的测试，但他和双亲有约定，绝对不能再当投手。于是吾郎作为一个出色的击球员入团了。但是却没有一个队友欢迎吾郎的加入。 此时的横滨……输给了吾郎，但希望一雪前耻的佐藤寿也率领“横滨少棒队”对战因为没有吾郎在而失去了干劲的“三船海豚队”。“三船海豚队”因为佐藤寿也的：“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”这句话而重新燃起了斗志。 最终与吾郎所在的《博多南少棒队》对战的是“横滨”还是“三船”？ 而且吾郎能够带领“博多南少棒”队成为九州地区的代表吗？ 友情、信念、梦想、性情…… 少年们各种的想法在球场上交汇！！

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种因素，他们始终只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹（森本玲夫  配音），与美丽的少女莉库妮（弥生みつき  配音）邂逅，被她的单纯与虔诚所吸引，逐渐开始改变自己的人生态度——成为第一个探索宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探索者。 但现实是残酷的，奥内米斯王国内部的腐败使他们的信念一次次受挫，似乎人们都更关注于地面上丑陋的斗争，虽然王立宇宙军最后得到了飞行的机会，但那确是帝国内部的阴谋，企图牺牲希洛兹搭乘的火箭，以作为和邻国开战的借口。即便这样，希洛兹还是坐上了火箭，他能否看到太空中的日出呢……