双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。 害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......