幌舞作为煤矿产地曾繁华过，无奈现今人口衰减。幌舞支线也决定即将废线，停止使用。佐藤乙松（高仓健饰）是北海道地方支线幌舞车站的站长，乙松每天得独自负责剪票，用小旗指挥列车进站、出站，清扫车站内部以及其他琐碎工作。 老同事杉浦仙次造访幌舞车站，想游说乙松在退休后，和他一起去渡假村工作，可是遭到乙松的拒绝，他深信不移地用生命陪伴着铁路。由于坚守岗位，17年前夭折的女儿雪子和2年前去世的妻子静枝（大竹忍饰）都只能孤独地走向死亡，乙松强忍着心头疼痛。一天，一个小女孩出现，之后又有个小女生来找丢失的娃娃，在寒夜里，一个少女（广末凉子饰）出现，乙松这才突然记起她是谁……

日本前任首相东条英机在1945年东京审判时被作为A级战犯判决，同时，在横浜地方法院，战时发令层的B级战犯和作为执行者的C级战犯审判也在进行中，其中包括了曾作为东海军司令官的冈田资中将和19名空袭时被逮捕的部下。在美军首席辩护人的辩护下，棉队法庭，冈田开始讲述战时所发生的事情……

哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....