自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己（松岡充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……

在京都一带颇有名气的剧团导演海江田优儿（堂珍嘉邦 饰）毫不声张，悄然无息地和之前曾在同一剧团的恋人亚纪（高梨临 饰）结婚，开始了属于他们两人的爱情生活。在此期间海江田正在排演一部新剧，可是他的种种异样让剧团的负责人龙也（松冈充 饰）颇为担心。果不其然，某天海江田突然提出引退的请求，令龙也急于知晓背后的原因。与此同时，亚纪的妹妹阳菜（石桥杏奈 饰）在毫无征兆的情况下出现在海江田的面前，她的一番话让海江田的心布满阴霾。彷徨的一群人，心中各有所思……