宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠大战，从而引发了宇宙大爆炸，随着宇宙大爆炸的能量旋窝，太空熊猫意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚以及六福星球的啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗、哼哼猪几个基因宝贝，大家在一起搞怪卖萌。 天狼鼠在宇宙大爆炸作用下变成了一块能量陨石跟随到了六福星球，后与黑精鼠合体后变成了基因怪兽，能力大增，他将太空熊猫分身解体。 大家为了挽救太空熊猫的五个分身，一起穿越时空，跨越金木水火土五个空间，大战黑精鼠和五大鼠王，最终获得胜利，告别基因宝贝六福星返回熊猫星球。

熊猫星球正值百年庆典之际，全体熊猫们沉浸在欢乐的海洋之中，就在此时，邪恶的鼠司令向熊猫星球发起了进攻，将所有的熊猫都变成了小丑。太空熊猫（易小寅 饰）和它的好友们侥幸逃过一劫，一行人来到了位于熊猫星球地下的秘密基地之中。 为了拯救熊猫一族，太空熊猫需要找到失传多年的秘密神器，与此同时，鼠司令亦在寻找神器，它想要利用神器的力量获得统一宇宙的无上权力。两方人马展开了对于神器的你争我夺，鼠司令生来阴险狡诈，正直勇敢的宇宙熊猫该怎样面对它所使出的重重诡计呢？时间在一分一秒的流逝着，太空熊猫的复国大业最终能否顺利完成？