平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。

九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。

《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。

传说在数万年前，有一个世外桃源那里生活着许多龙，由于真龙需要吸收大量的真气，导致地球上空气稀薄，人类濒临灭绝，为拯救人类，幸存的人制造出屠杀巨龙的兵器，开始屠杀巨龙，龙族四处逃串，最后的一条巨龙逃到了中原，将龙族的希望封印于地底，而巨龙死亡时爆发的能量弥漫于空气中，修炼的人称之为龙魂。数万年后，屠龙族的白无瑕来到万家寻找逃亡的真龙，隐藏身份潜伏在万家。主角万翼是万家的废物青年，机缘巧合获得了真龙的魂力，而恰逢朝廷准备收服万家，因此发生了屠龙族、万家和朝廷三方的故事，最后白无暇和朝廷公公雨化田双双死在了万家，同时也害死了万家家主万天霸和万家青年天才万森，但据万翼感觉，白无暇和万森并没有真正死亡。