作为民间警备组织E.G.I.S.的一员工作的工藤优信，有着变身为泰迦，泰塔斯，风马这个3人的奥特曼的能力。经过与无数敌人的战斗，优信和泰迦之间的羁绊更加深厚。但是，他们现在却被什么人瞄准了。知道这件事后，新生代的奥特曼们为了拯救他们，陆续集结。小光、翔、大地、凯、小陆、勇海、活海都来了。并且，泰迦的父亲，泰罗也来到了地球。但是，泰罗却猛烈地袭击了儿子泰迦。泰罗到底怎么了？泰迦能和父亲战斗吗！？现在，新生代正面临着巨大的黑暗力量！

2005年突然入侵的宇宙海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，统治地球的宇宙海贼的后代“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发动侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻止当年的宇宙海贼改变历史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和未来的超时空大战开始了……