内向老实的高中生天童纯（小野贤章 配音）自幼生长在美丽舒适的京都，某天他突然遭到一个恶鬼的袭击，仓皇之中跑入一座古寺，得到了僧人源云（中村狮童 配音）的救助。俄而竟被源云带到了久远的平安时代。原来平安时代恶鬼横行，与人类展开了连番的战争。为了消灭饿鬼，源云穿越时空带来了被称作救世主的天童。在最新的战斗中，天童为救助伙伴无意中唤醒了号称能摧毁恶鬼们的八岐大蛇。偶然的机会，他和大蛇救下了被贵族追杀的恶鬼水叶，由此发现了恶鬼的真面目，而他作为救世主的信念也遭到了动摇…… 本片根据高田崇史的同名原著改编。

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？