宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

狙った獲物は逃さない凄腕スナイパー・ゴルゴ13が遂行する暗殺という仕事を通して、きな臭い世界情勢や国際的な陰謀を描くハードボイルド。本作は原作の『帝王の罠』というエピソードをベースに、当時の最新ＣＧ技術を導入して制作された。監督は出崎統。石油王レオナルド・ドーソンのひとり息子が暗殺された。狙撃したのは、本名も国籍も不明のヒットマン・ゴルゴ13。その後しばらくして、ゴルゴはモレッティ司教から“ドクターＺ”という人物の暗殺を依頼される。ドクターＺは決して人前に姿を現さない謎の大物で、仕事のすべてをシンディという娘にやらせていた。ドクターＺへ近付くためにシンディに接触をはかったゴルゴは、シンディの正体に気付く。シンディこそがドクターＺだったのだ。だが、ドクターＺを仕留めた直後、ゴルゴ自身が何者かに襲撃され…。複数の殺し屋に狙われたゴルゴは、自らの身を守るために孤独な戦いを始める！