由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。 另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！

2010年，小学教员市川新市（哀川翔 饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ 饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗 饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。 某天，专门收容被斑马警察伤害的白马之家迎来了一位不寻常的病人。他就是消失15年之久的市川，但他对从前的事情一概不知。市川的学生晋平（井上正大 饰）和伙伴们悉心照料着他，希望市川早日恢复斑马人的英姿，带人民脱离苦海……