自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

===Silent Möbius 劇場版（上篇）=== 公元2028年，香津美已是AMP的主力成員。故事交代了4年前（2024年）的香津美，原本只是個在美國夏威夷生活的平凡少女，因母親病重而回到東京探望她的經過。其間，從母親的口裡得知已死的父親是個了不起的大魔道士及得知到妖魔世界的存在，並了解到父母的犧牲對自己的意義。