因战争连年，地球环境遭到破坏以致频临灭亡，人类被迫离开地球，五百年来一直生活在巨大太空船内的城市中；主控城市的电脑系统为免人类重蹈覆辙，特意隐瞒实情，让人类生活在虚拟二十世纪的社会中。飙车族矢作省吾从不关心社会及世界事物；他与同伴每天都在玩乐及飙车。直至有一天，他的一位旧朋友把一部神秘的超级电单车留了给他。这部名叫格兰度的超级电单车原来隐藏着一个重大的秘密。利用这部电单车，省吾发现了人类原来一直生活在巨大的太空船内，由一部名叫巴哈姆的超级电脑系统操控着…

ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前Ｂ・Ｄと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。 いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。 そんな時、突然ラジオからイヴのＳＯＳメッセージが流れてくる。 イヴ…７Ｇのオペレーター…そしてガーランド。 「よし、リベンジかましてやるぜ！」 省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。 いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。