21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……

明治45年，新日本进入高速发展时代。实业家涉泽荣一（勝新太郎 饰）请来阴阳师平井保昌（平幹二朗 饰）以及物理学家寺田寅彦（寺泉憲 饰），请求他们安抚因叛乱而被杀的平将门的怨灵，并借助这股灵力推行“东京改造计划”，试图自此建立一个武备完全的军事帝都。然而神秘的魔人保宪（嶋田久作 饰）却扰乱了涉泽的计划，他企图唤醒平将门的怨灵，进而摧毁东京。为达目的，加藤找到平将门的后裔——美丽的少女辰宮由佳理（姿晴香 饰）充当灵媒。一时间阴风阵阵，愁云密布，东京危在旦夕。为了保护帝都，上至军人政客，下至作家文豪纷纷行动起来…… 本片根据荒俣宏同名原著小说的1~4卷改编。