有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。

思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。