转眼间已经是1979年，第二代教父麦克•柯里昂（阿尔•帕西诺 饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。 麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥逊尼的私生子，火爆好色的文森（安迪•加西亚 饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅•科波拉 饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。 为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。 麦克无奈之下，只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。

故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击，於是Milo  、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後，Kida  为了找出魔幻水晶最适合的安排方式，便和  Milo  与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢？还是将其永远隐藏起来？

一位新房客（艾佛•诺维洛饰）被房东太太（玛丽•奥尔特饰）和她丈夫（阿瑟•切斯尼饰）怀疑有可能是恶名昭著的“连环杀手”，但他们当时装模特的女儿黛西•邦廷（琼•特里普饰）却被他深深吸引。黛西的男友警探乔•贝茨（马尔科姆•基恩饰）产生了嫉妒，于是在房东太太的教唆下获得了搜查令闯入了他的房间。然后警察找到了一把手枪和一张标明以往杀人地点的地图，以及一张第一个受害人的照片。房客辩称那个女孩是她的妹妹，他只是在寻找杀人凶手，可是警察还是逮捕了他。在黛西的帮助下，他逃了出来，但因为戴着手铐在酒吧被人发现，于是，他被逼入了墙角。 本片有一个难忘的镜头被希区柯克称为是在默片时代替声音的拍法，就是镜头里出现“房客戴着手套的右手在楼梯扶手上慢慢下滑。