嶋俊亚纪（米原幸佑 饰）是一名同性恋者，有着十分灰暗的过去。他的性取向在曾经工作过的公司里遭到了曝光，因此受到了同事和上司的排挤和鄙视，最终丢掉了工作。从此以后，他十分小心的隐藏着自己的真心，害怕从前遭遇的一切再度上演。 好不容易找到了一份新的工作，亚纪发誓这一次绝对不会再搞砸了。去新公司上班的第一天，亚纪就在电梯里遇到了一个喝得醉醺醺的奇怪的男人，而这个男人正是他的上司外川阳介（谷口贤志 饰）。虽然见面的第一印象并不好，但在之后的工作和合作中，亚纪发现阳介其实是一个非常有担当负责人的男人，奇妙的电波相互吸引这两人，导致他们最终抵达了伦理的边界。

奇诺（前田爱 配音）是个周游列国的旅行者，她的伙伴叫“艾鲁梅斯”，是一辆会说话的摩托车。奇诺和艾鲁梅斯到各个国家旅行，每次都只在该国家待上三天，了解该国的风土人情，三天之后她便离开前往另一个地方。奇诺原本是“大人之国”一个名字不详的少女，该国规定小孩12岁要接受手术成为 “大人”。因为受到旅行者奇诺的影响，她不想变成“大人”，于是骑着艾鲁梅斯逃离了自己国家，从此以奇诺之名开始周游列国…… 本作是另类的奇幻寓言题材，以单元剧的形式，讲述了奇诺的旅行故事。观众随着奇诺游历各种形形色色的国家，每个国家看似荒诞的风俗背后，是作者对自身世界的思考和追问。本动画改编自时雨泽惠一的轻小说《奇诺之旅》。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。