蓝泽耕作（山下智久 饰）离开了翔阳大学附属北部医院的急救中心，成为了一名神经外科医生。白石惠（新垣结衣 饰）依然在人手不足的急救中心担当着领导者的角色。曾经也梦想成为飞行急救医生的绯山美帆子（户田惠梨香 饰）离开翔阳医院，成为了妇产科医生。冴岛遥（比嘉爱未 饰）依然从事着飞行急救护士的工作。藤川一男（浅利阳介 饰）与白石一起留在急救中心，成为了一名整形外科的急救医生。

某个工业地带陆陆续续出现怪兽？！弦人队长率领SKaRD进行迎击，打倒了接二连三的怪兽。SKaRD认为此事与该地带在进行怪兽残骸处理和研究的先进化学企业「尼克罗玛斯公司」有某种关系，SKaRD便急行前往该公司的最高运营者、同时也是世界屈指可数的化学研究者的马布塞博士那里进行调查。 尼克罗玛斯公司的研究所正在开发能够实现与生命根源相关的长生不老物质「达姆特辛」，据说即将完成。在这样的情况下，突然出现了自称「宇宙霸者」的神秘宇宙人「达姆诺星人」！并且，从被破坏的容器中泄露出来的达姆特辛物质吞噬了研究所的怪兽样本，诞生了可怕的巨大怪兽——妖骸魔兽贡吉尔冈。现在，以日本的首都为舞台，布莱泽奥特曼以及SKaRD与大怪兽壮烈的大碰撞帷幕即将拉开！