故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..

在初音岛上，樱花一年四季都在盛开，而我们的故事就发生在这个浪漫的地方。朝仓纯一（泰勇气 配音）是就读于风见学园的高中生，和别人不同的是，他拥有能够看见别人梦境的神奇能力。这一次，他又梦见了那个不知名的女孩，她的音容笑貌是如此的熟悉，可纯一就是记不起她的名字。这天，学 校新来了转学生芳乃樱（田村由香里 配音），令纯一吃惊的是，她竟然就是自己梦中的女孩。原来，樱是纯一幼时的玩伴，两人曾经许下了秘密的约定。 朝仓音梦（野川樱 配音）对没有血缘关系的哥哥纯一一直有着格外的好感，对于半路杀出的樱，音梦感到很不是滋味，而纯一对樱的热情奔放也深感头痛。在这个樱花盛开的小岛上，在三人之间，会连结出怎样的情感羁绊呢？

这是一个黑白颠倒欲望横行的罪恶时代，贫富差距的急剧增大直接导致了罪恶和仇恨的火种开始暗自燃烧。在六木本俱乐部中有着一个关于“女神”的传说，传说中，只要得到了女神的祝福，便能够实现所想的愿望。前战地摄影师雑贺辰己（高田裕司 配音）正在调查一宗议员谋杀案，误打误撞之中，他得到了女神——少女天王洲神乐（斉藤圭 配音）的吻，当他因拍下了女神容貌而被追杀的时候，辰己发现自己奇迹般的拥有了不死之身，而手中的相机，似乎也有了如同武器一般的强大威力。 长久以来，神乐都遭受着母亲天王洲神泉（高岛雅罗 配音）的虐待，成为女神，更是由于被催眠之故。于是，辰己带着神乐，利用自己“写杀”的异能力，开始了一段惊险而又刺激的逃亡之旅。

乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。 所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。 不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

故事的主角是以治退专吃人类魂魄ヴァイアラス为职业的的露西亚，跟她一起与魔人战斗的还有偶然被露西亚的胸针刺到卷入事件之中而得到了神秘力量的少女。有一天露西亚在和一个叫与识的青年在公园中遭到了使用雷之力的少女的袭击，出于想要保护与识的强烈意愿，不知不觉中露西亚自身不可思意的力量也被唤醒了，于是接受了名桥的实验委托……