山罔百介，一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者，在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的“三人组”：擅长骗术的御行师——又市先生；擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐；擅长鸟寄的模仿师——长耳先生。至此，卷入了一系列诡异的事件之中，这些事件成就了他的《百物语》的素材。“三人组”从开始到最后都一直充满着神秘感，经常不经意的出现又突然消失，但是他们出现的地方都是伴随着诡异的流言，他们似乎是生活在黑暗世界的人，很有可能是阴间（后期百介在一份资料中查得长耳如果活着的话应该200岁了）。还有那间或出现的京极亭，似乎控制着“三人组”，还有黑庵、白庵这两个欧巴桑，处处都透着神秘。 百介随着“三人组”见识了种种诡异事件，这里面的鬼怪并不像人们平常所想象的那种，他们都是那些平常生活在我们身边的人变的。人性有着黑暗的一面，当你因为某种事而舍弃自己的人性，逃避起来，那扭曲的人心使你开始变成了所谓的“鬼”，一次又一次地犯下罪行，而不自知。带有悬遗的剧情、弥漫着的恐怖的氛围、四处飞溅的鲜血、各种贪婪变态的行为处处给你以心灵的震撼，“三人组”以他们特有的手段将那些隐藏在暗处的罪恶曝露在人前，再对他们用符进行“御行为奉”。伴随着寂静的铃声，有市缓缓道出：“踏上正道便能功成名遂，步入歧途就会墮入深渊，毕竟不过是梦境和虚幻，邪念和野心在黑暗中消失，留在世间的只有诡异流言。” 

楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。 另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！