该片描写了清朝福建按察使于成龙不顾自身安危，与骄横偏执、心理阴暗的贪官污吏们周旋斗法，并最终战胜重重困难，使一方百姓得以安居乐业的故事。

《于成龙》讲述一代廉吏于成龙从中年出仕到成为两江总督的跌宕起伏又清正廉明的一生。

大阳市金山矿因资源枯竭破产。矿山破产后，英雄号电镐司机们，自发去农村种植蘑茹。而老劳模赵林的儿子赵黑子，因故意伤害罪被判刑，老父探狱悲痛而死。市委书记杨天前来追悼，老劳模的死引起他很大感伤与反思。杨天和副市长夏天虹，抵制副市长马平的掣肘，捣毁黄甲黑恶势力，从上海引进乳制品业建立养殖园，吸引台湾花卉业建蝴蝶兰园区。同时开发百年新露天矿，英雄号电镐司机们重新走进掘进队。仅一年时间，大阳市成为中国400多资源枯竭城市中第一个成功转型的典型。

顺治十八年，大清江山初定，人才极缺。顺治和康亲王正为此事焦虑，八岁的玄烨（康熙）在一旁出主意：“何不在前朝上千举子中选几个能人，为我大清所用呢！” 前朝副榜贡生于成龙因皇子的这句话，便做了广西罗城的知县。他典房卖地，抹泪别了老母、妻儿，带着四个乡下小子上任了。 罗城的前几任县官都被盗匪砍了头，城中百姓，无人敢搭理新县官。匪首李吉趁他还未立稳脚跟，连下毒手：火烧县衙残杀仆役，短短几天，四个仆人两死一疯，生死关头，于成龙向知府借兵，设计将李吉擒获新杀。于成龙又和仆人朝卿到瑶人侗人居住的寨子，苦苦相劝，软硬兼施，终于化解了民族矛盾，稳住了阵脚。罗城的局面大大改变。不料，他费尽心机为百姓借来的种子和耕牛，一夜之间被挂锦县的盗贼马胡子抢劫一空，桂锦县令胡神不但不还东西反而日出狂言，被逼无奈的于成龙率乡勇越界征讨，夺回自家的耕牛和种子。胡坤的黑状告到了巡抚衙门。广西巡抚金光祖突然来到罗城要见识一下胆大包大的于成龙。正赶上于成龙为朝庭收兑税银。不想瑶侗百姓一番哭诉，巡抚大人便对于成龙刮目相看。于成龙升为湖北黄州的同知。临行前他把所积银两，分给孤寡老人和义学堂，带着仆人朝卿悄悄离开了罗城。 号称鱼米之乡的黄州，日子并不好过，州县偷盗成风。为打探盗匪下落，于成龙带着朝卿装扮成生意人，夜闯鸿蒙寺。不想被铜铁头等贼人扣在大缸下，幸被民女翠儿搭救，随将盗匪一网打尽。黄州知府的贴身仆人打着知府的旗号，来于成龙这里，蛮横无礼索要鸭子，被于成龙痛打了一顿。眼看大祸临头，不料，一夜之间知府大人却被人杀死在相好家中。在神秘的寺庙里，于成龙见到了温文尔雅的杀人凶手一张大鹏，并将其擒获。 吴三桂反叛，攻入湖南。清军在武昌集结。危难之时于成龙被提升为武昌知府。当地一个劳军的姑娘被总兵李国栋的小舅子张富贵奸污，姑娘投湖自尽。于成龙将罪犯抓进大字。李国栋挟持巡抚张朝珍，逼于成龙放人。情急之下，于成龙在牢房立斩张富贵。从此，李、于之间仇怨深结。尚贝勒大将军下令让于成龙三日内造好一座军桥，眼看军桥大功告成。忽闻蒲圻县令杨彦城要弃城而逃，于成龙赶到蒲圻，当场将其正法，并用计诱敌入城，歼敌数千，稳住了战局。当他返回架桥工地时，百年不遇的洪水倾刻间将军桥冲垮。李国栋为报私仇，借机向朝廷告黑状。一道圣旨，于成龙惨遭革职，他本想回老家了此余生，巡抚张朝珍苦苦挽留。为报知遇之恩，于成龙身着布衣智闯匪巢，接连攻破十几处匪寨。于成龙不劳军队，不费国银，瓦解十万反贼的捷报震惊朝野。康熙又把于成龙升为福建按察使。 在福州街头，几十个小叫花子横冲直撞，细问才知他们的家人受海匪案诛连被关进死牢。于成龙面见康亲王，要求重审旧案，放了那些无辜百姓，遭到回绝。他一怒之下，要撞柱殉节，康亲王只好应允。于成龙让三十多个街头孤儿在衙门里吃住了几个月，用尽了积蓄。仆人朝卿没米下锅，只好当掉冬衣，被康亲王发现，朝卿无奈说出实情。康亲王收起当票，故意逼于成龙买酒请客，于成龙身无分文，窘态万分，却赢得康亲王敬重。他把当票呈到皇帝面前。不久于成龙做了直隶巡妩。 直隶官场风气败坏，保定同知钱均明目张胆养妓女，吃花酒，被微服察访的于成龙撞着，不知好歹的钱均在大堂上强词夺理，被于成龙摘去了顶戴花翎。 为严禁火耗一事，于成龙与布政使索伦争执不下，索伦拂袖而去。微服出巡的康熙在巡抚大堂，看于成龙将一桩扑朔迷离的嫁妆案审得清清爽爽，不由得击掌称赞。 直隶旱灾严重，于成龙将自己的粮米都捐了，奄奄一息的饥民仍在他面前哀哀求食，万般无奈，他含泪将张如珍送的枣红马杀了，让百姓充饥。饿晕在路上的于成龙回到府上，摘下官帽冒死罪开仓放赈。 康熙被子成龙的耿耿忠心所感动，将自己的银狐皮衣给于成龙穿上，并赏千两纹银准他回家葬母。索伦、李国栋狼狈为奸，借口有人告于成龙拉着贪占的宝物回乡，强行查抄于的行装，不料搜出于成龙在各地做官时收集的十几坛黄土。结果，康熙将索伦发配到新疆伊梨，李国栋被休官回乡。 于成龙因祸得福，升为两江总督。为保四方平安，他一到任便悬赏捉拿作恶多端的江湖飞贼鱼壳。鱼壳仗着救过皇帝的亲外甥，竟夜潜府衙盗走赏银。鱼壳被擒，皇帝的亲外甥喀礼跑到江宁文化府大堂要人，被知府陈严龙拒绝，喀礼狂杀陈严龙，于成龙怒拍惊堂木，当场斩杀了皇帝的亲外甥喀礼。不久，于成龙积劳成疾、病殁在两江总督任上。 于成龙病逝后，民罢市聚哭，家绘像祀之。二十年后，康熙视江南，人们仍念念不忘于成龙，康熙感慨而言：“实乃天下廉吏第一也”。