此番的新故事以马林梵多的顶上战争结束后为原点，描绘了失去艾斯并与同伴们分离的岁月里，主人公路飞在鲁斯卡纳岛上修行习得霸气的故事，而西鲁巴兹·雷利、波雅·汉库克、巴基、佩罗娜等角色也将登场亮相。此外，剧中还会出现由尾田新绘制的敌人——恶魔果实持有者班迪·沃尔德。

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！ 与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

故事发生在充满了浪漫气息的绸织高校，作为一名转学生，周围的一切对于青叶陆（宫野真守 配音）来说都充满了新奇。新的同学，新的老师，虽然有些奇怪但十分有趣的学校制度，即使有时候会被调皮的同伴恶作剧，但总的来说，陆在绸织高校的生活还是非常的快乐。 对于高中生来说，校园恋爱是一项不可缺少的美好回忆，在学校里，陆认识了一群可爱的女孩子们。各方面都十分优秀的完美女孩天宫小百合（牧岛有希 配音），古灵精怪的运动型少女春日司（吉川友佳子 配音），个性沉默但内心单纯的弥生水奈（藤田咲 配音），徘徊在三个女孩之间，陆逐渐的迷失在了自己真正的心意之中。

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

阳光明媚，风平浪静，草帽海贼团的诸位正在享受着快乐时光，而就在此时，娜美却突然发起高烧，一病不起。为了治好她的病，众人扬帆来到拥有“常冬之岛”之称的医疗大国磁鼓王国。在当地人的指点下，路飞等人背着娜美上山寻找岛上唯一的魔女医生——吴羽博士。与此同时，一年前因战乱而弃国逃亡的瓦爆鲁带着邪恶的魔法师兄弟木修鲁卷土重来，他企图驱逐吴羽，重新统治这片土地。一时间战火重燃，盘桓在此的草帽海贼团被迫卷入其中…… 本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2008年上映的第九部动画剧场版，也是漫画连载十周年的纪念作品。

曾经潇洒快活的草帽海贼团，如今因为路飞的大胃口也过上了入不敷出的拮据日子。迫于生计，他们求助于酒吧老板。而老板则指引他们走入一条深不见底的隧道。为了糊口，众人不顾死活向洞穴深处走去。到了尽头，他们来到一个空间甚为开阔的场所，这里云集了无数的海盗团伙。原来，近期正要举行海盗大赛。所谓海盗大赛，是几年才会举行的海盗王者的航行比赛，优胜者将有丰厚的奖金，与之相伴则是莫大的生命危险。巨额的奖金让路飞等人忘记危险，他们毅然报名参加。本次比赛不仅有巨人族、鱼人族，还有头号种子选手——令人望而生畏的加斯帕迪。这势必是一场精彩刺激的海盗大对决……

正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将沉没的海盗船，并发现一个巨大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许诺愿用金冠的秘密交换的生命。所谓金冠，传说是一顶价值连城的王冠，只有真正的海之王才能拥有。路飞相信了老太婆的话，于是扬帆朝目标之地挺进。 众人来至老太婆所住的机械岛，然而老太婆的儿子兰切特以为路飞等人是劫持了自己母亲的盗贼。他一面救回母亲，一面利用其研制的机械巨兵向梅利号展开攻击。寻找金冠的道路上危机重重……