故事背景设定在不远的近未来，地球人的活动空间已触及到茫茫的外太空。故事主人公是一名叫丹迪（诹访部顺一 配音）的宇宙猎人，同时也是有名的花花公子。他和他的搭档——旧型清洁机器人QT（佐武宇绮 配音）一起在宇宙中寻找各种未知的新型外星物种，如果外星人被认定为新品种，那么谁最早发现谁就能获得奖金。在一次追捕中，丹迪和QT遇到一个外形像猫的外星人，丹迪取其名为“喵”（吉野裕行 配音）。从此，丹迪、QT和喵一同在宇宙中到处冒险，并与各种各样的外星人相遇，卷入一场场有趣刺激的故事中。 本动画采用了“单元剧”的模式，使得这部动画像是一个舞台，各路人马各显神通。在展示的动画设计图中，有各式各样的外星人，监督表示动画播出时会每周推出一个外星人。

鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！

2075年，随着人类对太空的不断开发，太空垃圾成为了社会问题。这些被废弃的卫星、火箭零件之类的碎片围绕着轨道运转，危及周围的太空站和航天船的安全。星野八郎太（田中一成 配音）所在的残骸课，就是专门负责回收或清除太空垃圾的部门。 田名部爱（雪野五月 配音）是一个刚刚进入宇宙工作的新人，她怀着满腔热情加入了Technora公司的残骸课，却发现理想与现实有极大的差距，残骸课成员一副吊车尾的样子让她深受打击。该部门还被称为“半课”，因为垃圾回收效益不高，不受公司重视，所以人员只有其他课的一半。她被安排和星野八郎太组队，面对这个奇怪的前辈“缠头八”，她也是满口不愿意。然而在一次次与宇宙的接触中，她开始逐渐了解残骸回收工作，她也了解到同事们看似吊儿郎当、实际上让人信任的品质，她开始慢慢融入“半课”……

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

“我是想要让我成为同伴之人的同伴。仅此而已！” 失去了过去的记忆，平稳地生活着的高中生·黑井宗矢。 某天，他的城市突然遭到神秘的巨大兵器“星云兵器”的袭击。 宗矢与长得像猫的“老师”和哥特萝莉银子一起被卷入战斗当中， 但——没想到对手竟然是保护城市的7位英雄！ 隐藏在宗矢记忆中的战斗理由究竟是？

被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。 随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。 《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。

為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。 A.G.（Advanced Generation）101年 突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。 A.G.108年 与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。 A.G.115年 14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。 然而，可怕的时刻终于来临…… UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。 如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。 到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？ 历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……

由于童年的经历，天野莓（悠木碧 配音）对糕点有着深深的喜爱和眷恋，成为一名出色的糕点师就是她的全部梦想。可是，随着年岁的增长，小莓发现，自己笨拙的身手无法胜任制作糕点这样精细的活计。在一次蛋糕展示会上，名叫安利（岸尾大辅 配音）的师傅却告诉小莓，她有着极高的烹饪天赋，但尚需发掘。安利推荐小莓进入圣玛丽学院进行修炼，在家人的鼓励和自己的反复思量之下，小莓终于下定了就读的决心。 在学院里，小莓认识了外表冷漠内心天真的“甜点王子”樫野真（冈本信彦 配音），成熟稳重的糕点店继承人安堂千乃介（浜添伸也 配音）和对小莓十分友善亲切的花房五月（代永翼 配音）。在他们的帮助下，小莓不断的提升着自己制作糕点的手艺，并和同学们结下了深厚的友谊。